Después, se proclamó nuevamente campeón del fútbol argentino y de la Copa Libertadores 1986 con River Plate.

Como entrenador tendría sus inicios con Argentinos Juniors en 1992 y realizó algunas buenas campañas con Lanús unos años después.

Obtuvo su primer título con San Miguel, que significó el ascenso del club a la cuarta división en 2014.

Con ese contrato podía ir a la Verona, a la Sampdoria o al Torino, cerrando su pase con este último en 1982 por alrededor de 1,2 millones de dólares (cifra extraordinaria para la época).

Sin embargo, pese a ser segundos gran parte de la campaña en la disputa del scudetto, los dirigidos por Eugenio Bersellini dejaron ir puntos valiosos en la segunda vuelta, que terminaron posicionándolos en el quinto lugar general.

[12]​ Patricio tenía mucha ilusión de llegar al mundial a celebrarse en México, por lo que Bilardo le dijo "si jugás en River o en Boca te llevo", y aunque contaba con ofertas para jugar en Francia o Grecia, terminó eligiendo el regreso.

[5]​ Pese al poco tiempo, Hernández dejó una buena impresión durante su paso en el fútbol italiano.

Sin embargo, con el despido de Ferreiro y la vuelta de Omar Pastoriza al mando, Patricio no siguió en los planes y se frenó su llegada al conjunto rojo.

Durante su estancia vio la mayoría de los minutos de juego con el denominado "equipo B", conformado por jugadores suplentes, debido a que el primer equipo jugaba en paralelo la Copa Libertadores, de la cual resultó campeón y alineó solo un encuentro en el empate 1-1 ante Boca Juniors en La Bombonera.

[5]​ En el siguiente torneo decide emigrar con Argentinos Juniors, donde tendría asegurada la titularidad y volvería a su mejor nivel.

[19]​ Pese a no tener interés en salir nuevamente de Argentina, la oferta económica del club terminó convenciendo a Hernández de llegar al país norteamericano, aunado a su deseo de jugar en el estadio Azteca, donde se consagraron Pelé y Maradona campeones del mundo (1970 y 1986 respectivamente), luego de haberse quedado fuera del torneo mundial años atrás.

Ambos encuentros, disputados en el estadio Azteca, estuvieron marcados por un polémico error del guardameta celeste Pablo Larios en el partido inaugural de la serie, que significó la anotación de Luis Roberto Alves.

No obstante, la entrega del premio resultó polémica, pues, pese a estar nominado en la terna, Hernández no ganó el trofeo al mejor en su posición (quedó en manos de Jorge Aravena) y, sin embargo, sí fue elegido el mejor jugador de esa campaña.

[27]​ Desafortunadamente, para la temporada 1989-90 no podrían emular lo hecho el torneo anterior y, peor todavía, firmarían una de las campañas más pobres en la historia del club, terminando en la antepenúltima posición general, siendo el peor registro en la historia de los torneos largos.

[34]​ Pasaría los últimos meses de su carrera como futbolista con Huracán, donde alineó en 19 partidos y marcó 2 goles.

Tuvo diferencias con el presidente de la institución Isidro Romero por temas económicos, y por temas deportivos con Abdalá Bucaram, entonces presidente del país, situación por la cual fue despedido al día siguiente.

[38]​ Los resultados no acompañaron, y tras solo cosechar nueve puntos luego de 14 partidos, Hernández dejó el puesto.

No obstante, fue despedido luego de 45 días en el cargo por el presidente del club Carlos Portell, dejando en su puesto a Pablo Sánchez y Hernán Lisi, que formaban parte del cuerpo técnico de Hernández.

[41]​Sus declaraciones despertaron una fuerte respuesta por varios integrantes de Banfield, incluidos los entrenadores involucrados, jugadores y el presidente Portell, el cual declaró: "Estoy sorprendido, habíamos acordado no hablar del tema.

Estuvo hasta 2008 en el programa "Estudio Fútbol" y después continuó en "Código F".

Hernández se alejó del medio durante un tiempo, y en septiembre de 2009 realizó diversas declaraciones en una entrevista:«Muy alejado del fútbol, me resultaría fácil decirte que me estoy perfeccionando y todo eso que dicen los técnicos cuando no están trabajando, pero no es cierto.

En esa época, aún se designaban los dorsales para la Copa Mundial utilizando el orden alfabético.

[52]​[53]​[54]​[55]​ Descrito como el "clásico número 10", Hernández se caracterizó por su muy peculiar clase en la conducción del esférico y su grandioso toque de la pelota, sobre todo a la hora de cobrar los tiros libres.

Asimismo, sabía esconder la pelota a los contrarios, dribleando y resistiendo las faltas cuando subían con sorpresa.

Hernández se convertía en el impulso de sus equipos cuando los encuentros se tornaban complicados, o tenían que ir contracorriente, mostrando siempre seguridad en la toma de decisiones e incentivando a sus compañeros a mejorar.

[63]​ Con la escuela de Menotti-Bilardo detrás, como entrenador buscó plasmar lo aprendido en su carrera como jugador, llegando a desarrollar un estilo propio que le permitió formar a grandes jugadores, siendo el más destacado Mauro Germán Camoranesi.

Su hermano Héctor Humberto (1943-2021), fue abogado y doctor en filosofía del derecho.

Su hermana Graciela Beatriz, psicopedagoga, y profesora de inglés que, junto con Héctor, impartieron clases en la Universidad Católica Argentina.

Su hermano Rafael fue sacerdote, teniendo en vida acercamiento con Jorge Mario Bergoglio, el 266.º papa.