El ADN nuclear y mitocondrial indica una divergencia antigua (~2,1 a 3,4 millones de años) con respecto al colibrí gigante del sur, Patagona gigas.

[3]​ La especie P. peruviana fue descrita por primera vez por el ornitólogo francés Adolphe Boucard en 1893 bajo el mismo nombre científico; su localidad tipo es: «Tinta, Cuzco, Perú».

(2024) dan soporte a la separación en dos especies, donde se demuestra que divergieron entre 2,1 y 3,4 millones de años atrás, en el Plioceno tardío.

(2024) demostraron que este taxón ya había sido descrito como Patagona peruviana por Boucard in 1893, por lo cual P. chaski es un sinónimo posterior de P.

[4]​ El epíteto específico chaski significa 'mensajero' en la lengua quechua, en referencia a los venerados corredores de relevos que transportaban mensajes y mercancías por todo el Imperio incaico.