Al final las dos ligas se fusionaron en 1996 y la Anaprof mantuvo el envío de equipos para representar a Panamá hasta hoy día.
Y desde el nuevo formato de la Concacaf Liga Campeones en la temporada 2008-2009 hasta hoy día.
En tanto a la Copa Interclubes de la Uncaf, la primera participación fue en el torneo del años 2000, cuando participó el Panamá Viejo Fútbol Club y el Club Deportivo Árabe Unido, hasta el 2007 en el año que se realizó.
El torneo había sido conocida como la Copa Fraternidad Centroamericana de 1971 a 1983.
Sin embargo, esta edición sólo duró hasta 1998, cuando el torneo pasó a denominarse Copa Interclubes UNCAF.