Los paquetes más sencillos tienen interfaz por ventanas, lo que implica facilidad de uso y aprendizaje pero un mayor encorsetamiento a la hora de hacer cálculos que el programa no tenga predefinidos.
Los programas más complejos suelen tener la necesidad de conocer su lenguaje de programación, pero suelen ser mucho más flexibles al poderse incluir en ellos funciones, tests o contrastes que no traen instalados por definición.
Otro inconveniente está en que en estadística a menudo nos pueden salir resultados contradictorios entre tests distintos.
Un programa informático se dará cuenta de ello y nos avisará de algún modo, pero tendrá que ser el usuario el que decida a cuál de los test hacer caso, y esto en ocasiones es complejo, sobre todo si no se está familiarizado a fondo con la estadística o se tiene poca experiencia.
Esto se debe sobre todo a que su uso parece más sencillo, la mayoría de las personas están familiarizadas con él y la mayor parte de las empresas ya tienen instalado Excel en sus ordenadores, mientras que las licencias de SAS[1] y SPSS[2] (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).