Poco después, lo adquirió el Dalai Phajo Drukgom Shigpo, el primer representante del linaje Drukpa Kagyu en Bután.
En 1641 Shabdrung Ngawang Namgyal lo adquirió de los descendientes del Dalai Phajo, pero pronto resultó demasiado pequeño y se construyó otro, conocido como el Dzong menor de la administración, quedando el anterior para los monjes.
El dzong original fue destruido por un incendio en 1771 y todo lo que contenía fue trasladado al inferior, que fue ampliado a continuación, de nuevo por el Druk Desi XIII (1744-1763), y de nuevo en 1866.
El III rey, Jigme Dorji Wangchuck, lo renovó y amplió más de cinco años después del traslado de la capital a Timbu en 1952, siguiendo el estilo tradicional sin usar clavos ni planos escritos.
Al oeste del dzong existe una pequeña torre llamada Ney Khang Lhakhang que alberga una estatua del Buda Shakyamuni y las deidades protectoras.