De gran trayectoria en Newells Old Boys, también tuvo un destacado paso en Boca Juniors.

En 2011 regresó a Newell's, donde es campeón del Torneo Final 2013 y semifinalista de la Copa Libertadores.

Se transformó en un referente del club y segundo capitán después de Fernando Gago.

Pablo Pérez estaba jugando un mal partido e incluso llegó a ser amonestado con tarjeta amarilla por protestar en contra del árbitro al final del primer tiempo con el partido empatado 1-1, pero en los minutos adicionales del segundo tiempo, tras un centro de Ramón Ábila, Pérez patea al arco convirtiendo el 2-1 que le dio la victoria agónica a Boca en el final, siendo este uno de sus goles más importantes desde que arribó al equipo.

Tras eliminar a Palmeiras en semifinales por un resultado global de 4-2, Boca se enfrentaría nada más y nada menos que a River Plate en la final, siendo este el primer enfrentamiento Superclásico en la final de una copa continental.

Fue un episodio polémico que tuvo impacto en medios de comunicación alrededor del mundo.

Pablo Pérez fue reemplazado por Fernando Gago en los últimos minutos del segundo tiempo, alegando una molestia muscular en su pierna izquierda abandonó el campo de juego.

Posteriormente, Beccacece abandonó el club y Pablo Pérez cayó en desgracia con los dirigentes por cometer una entrada violenta sobre Jorman Campuzano (de Boca Juniors) que significó su temprana expulsión dejando a su equipo en inferioridad numérica.

Por ello más las dificultades para sostener su remuneración tan elevada, se evalúa su transferencia a algún otro club.