Esta especie fue descrita originalmente en el año 2017 por Anton Nurcahyo, Erik Meijaard, Matthew G. Nowak, Gabriella Fredriksson y Colin Groves.
[2] Comparte la isla con otra especie del mismo género, Pongo abelii, cuya población es más numerosa, estando distribuida al norte del territorio de Pongo tapanuliensis, separadas ambas geonemias por un hiato donde se localiza el lago Toba.
Sin embargo, la especie genéticamente más próxima es Pongo pygmaeus, la cual habita en la isla de Borneo, habiéndose separado ambos linajes hace 2 410 000 años, mientras que el antecesor de ambas se separó del linaje de P. abelii hace 3 380 000 años.
Su población total se ha estimado como inferior a 800 individuos.
Se sospecha que hasta hace relativamente poco tiempo, su distribución habría estado más extendida hacia el sur y hacia el oeste respecto a la que ocupaba cuando fue descubierta.