En el pasado el club tenía también equipos de baloncesto, voleibol, ciclismo y fútbol sala.
En la temporada 1964-1965, Giorgos Paletsios, un antiguo jugador y capitán del Olympiakos durante 18 años, aceptó dirigir el equipo sin que le pagaran por sus servicios.
Paletsios reestructuró la escuadra promoviendo al equipo principal varios jugadores jóvenes y talentosos.
En la temporada 1965-1966, el Olympiakos fue segundo lugar de nuevo con 49 puntos, uno menos que el campeón AC Omonia.
Ganaron el campeonato con 55 puntos, la misma cantidad que el APOEL FC, quien en su último juego derrotó al Aris Limassol F.C.
Durante la temporada 2008-2009, el club terminó cuarto y perdió el ascenso a la Primera División por un punto.
Saša Jovanović fue nombrado como el reemplazo de Kouloumbris, pero solo logró dos victorias en siete partidos, con lo que el equipo cayó a la quinta posición.
El Olympiakos terminó de tercero en los playoffs con lo que obtuvo el ascenso a la Primera División.
A pesar del éxito obtenido, el contrato con Papavasiliou no fue renovado al final de la temporada.