Vukojević comenzó su carrera profesional en el NK Bjelovar.
En este equipo casi no dispone de oportunidades, solo disputa 9 encuentros.
Allí juega media temporada para luego, en diciembre, regresar a su país, fichando por el Dinamo de Zagreb.
En este equipo se gana un puesto de titular en la temporada 2006-2007.
También gana la Copa de Croacia en dos ocasiones y una Supercopa.