Después de una pausa, Nine Inch Nails reanudó las giras en 2005 y lanzó su cuarto álbum With Teeth (2005).

Mientras vivía en Cleveland en 1987, Trent Reznor tocó el teclado en Exotic Birds, una banda de synth pop manejada por John Malm Jr.

[9]​ Poco después, tras su apoyo en vivo a Skinny Puppy, Reznor se propuso lanzar un sencillo de 12 pulgadas en un pequeño sello europeo.

[11]​ Reznor eligió el nombre «Nine Inch Nails» porque «se abrevia fácilmente» en lugar de por «cualquier significado literal».

[17]​ Escrito, arreglado e interpretado por Reznor,[18]​ el primer álbum de Nine Inch Nails, Pretty Hate Machine, debutó en 1989.

[32]​ Nine Inch Nails luego se embarcó en una gira mundial que continuó hasta el primer festival Lollapalooza en 1991.

[35]​ En respuesta, Reznor comenzó a grabar en secreto bajo varios seudónimos para evitar la interferencia de la compañía discográfica.

[13]​ La inspiración para el sonido más duro vino de la forma en que la banda tocaba en vivo durante conciertos como Lollapalooza.

[46]​[48]​ Un video de actuación independiente para «Gave Up» con Richard Patrick y Marilyn Manson fue filmado en Le Pig.

Vig habló más tarde sobre su remezcla mientras respondía preguntas en un foro de producción musical, diciendo «Empecé a grabar muchas partes nuevas y lo llevé en una dirección muy diferente.

[70]​ Después del lanzamiento de The Downward Spiral en 1994, la banda en vivo lo apoyó embarcándose en el Self Destruct Tour.

La gira debutó con la imagen sucia y desordenada de la banda, ya que los miembros aparecieron con atuendos harapientos untados con maicena.

[79]​ The Fragile fue concebido haciendo que «la composición, los arreglos, la producción y el diseño de sonido... fueran la misma cosa.

[79]​ Spin aclamó a The Fragile como el «álbum del año», mientras que Pitchfork Media criticó sus letras «melodramáticas».

[106]​ La banda en vivo Nine Inch Nails completó una gira por anfiteatros norteamericanos en el verano de 2006, junto con Bauhaus, TV on the Radio y Peaches.

[113]​ Hay varios grupos rebeldes clandestinos, que operan principalmente en línea, en particular Art is Resistance y Solutions Backwards Initiative.

[169]​ En una entrevista con BBC Radio 1, Reznor indicó que escribiría durante la mayor parte de 2012 con Nine Inch Nails «en mente».

[179]​[180]​[181]​ Lanzado el 3 de septiembre, Hesitation Marks incorporó ritmos que recordaban a lanzamientos anteriores, pero era más expansivo y teatral.

[192]​[193]​ A la banda se unió Queens of the Stone Age para la gira por Australia y Nueva Zelanda, durante la cual un lanzamiento de moneda cada noche determinaba quién abría.

[197]​ Oneohtrix Point Never, The Dillinger Escape Plan y Cold Cave reemplazaron a Death Grips por separado para la gira.

[201]​ En 2015, Nine Inch Nails fue nominado nuevamente para el Salón de la Fama del Rock and Roll.

[243]​ En febrero de 2022, Nine Inch Nails anunció una breve gira por los Estados Unidos para 2022, las primeras actuaciones del grupo en casi cuatro años.

La emoción de la noche tocó una fibra sensible en mí y recuerdo que pensé: “Algún día me encantaría estar en ese escenario”».

[288]​ Otros artistas de importancia para Nine Inch Nails incluyen grupos como Depeche Mode,[289]​ Queen, King Crimson, Devo,[290]​ The Cure, Joy Division, U2, Bauhaus,[291]​ Adam Ant,[288]​ Coil,[292]​ y Soft Cell.

[4]​[295]​ En 1995, Nine Inch Nails se fue de gira con David Bowie, quien, junto con Pink Floyd, había sido una influencia significativa en The Downward Spiral.

[317]​ Ryko también reeditó el CD «Head Like a Hole» y una edición en vinilo de Pretty Hate Machine en 2006.

El sello consideró lanzar una edición de lujo, tal como lo había hecho Interscope para The Downward Spiral.

La banda interpretó «Copy of A» y «My God Is the Sun» con Queens of the Stone Age, Lindsey Buckingham y Dave Grohl hacia el final de la transmisión; sin embargo, la actuación no se mostró completa para la audiencia en casa, ya que los anuncios se habían cortado a mitad de la segunda canción.

[339]​[340]​ Hasta que Atticus Ross se unió en 2016, Reznor era el único miembro oficial de Nine Inch Nails.

[346]​[347]​ La banda inicialmente incluía a los miembros de la banda en vivo Danny Lohner y Charlie Clouser, pero eventualmente se expandió para incluir a otros colaboradores frecuentes de Nine Inch Nails, Josh Freese, Atticus Ross y Alan Moulder.