Luego entrenó con Defensor Sporting pero su medio hermano, Carlos Sánchez, que fue un jugador destacado en el Liverpool, le recomendó incorporarse a la escuela negriazul.

En el año 2013, consiguió su primer título, salieron campeones del Torneo Apertura pero Danubio logró el Clausura y la tabla anual.

Fue en el 2015, cuando mostró su mejor nivel, con la sub-19 de Liverpool, salieron campeones del Torneo Apertura, el Bolita marcó 6 goles.

[4]​ Luego comenzó a jugar el Clausura, anotó un gol pero fue ascendido al primer equipo por el técnico Juan Verzeri.

En la fecha 6 fue convocado por segunda vez, jugó su primer partido en Belvedere el 19 de septiembre contra quien era puntero del Torneo, Defensor Sporting.

Nicolás jugó once partidos, todos como titular, completó 865 minutos en cancha[9]​ y recibió 2 tarjetas amarillas.

[15]​[16]​ Debutó en la competición internacional el 30 de enero, en el primer partido del grupo, contra el local, Cerro Porteño, el equipo paraguayo abrió el marcador pero Nicolás al minuto 15 anotó el empate parcial, finalmente su compañero Juan Ignacio Ramírez puso el 2 a 1 definitivo.

El 2 de febrero, jugaron contra Lanús, el campeón argentino, fue un partido reñido en el que el árbitro sacó 10 tarjetas amarillas, pero Liverpool perdió 3 a 0.

Jugaron el último partido del grupo, el 5 de febrero contra Bolívar, para clasificar a la siguiente fase solo servía el triunfo, por lo que impusieron su juego y ganaron 12 a 0, De La Cruz anotó un hat-trick, por lo que se llevó una pelota, su compañero Ramírez también anotó por triplicado y también se quedó con un balón.

Estuvo en el banco de suplentes contra Peñarol, en el Campeón del Siglo, Nicolás ingresó al minuto 76 con la camiseta número 10 por primera vez, pero perdieron 1 a 0.

[23]​ Los negriazules mantuvieron la categoría, tras un campeonato irregular, en el Torneo Apertura lograron la posición 12, mientras que en el Clausura quedaron en octavo lugar.

En su primera temporada como profesional, Nicolás disputó 17 partidos, de los cuales fue titular en 14, además convirtió un gol y brindó una asistencia.

Para la fecha 3 fue al banco de suplentes, recibieron a Nacional en Belvedere, Nico ingresó en el transcurso del segundo tiempo, con el juego igualado 1 a 1, al minuto 76 recibió el esférico desde antes de la mitad del terreno en su área, encaró hacia los rivales y dejó por el camino a 3, realizó una pared con Carlos Bueno, este lo habilitó frente al arco y el Bolita vulneró la portería de Esteban Conde, lo que significó el triunfo final por 2-1.

[24]​[25]​ Debido a una lesión no pudo jugar por un mes, de igual forma disputó 11 partidos, convirtió 4 goles y brindó 2 asistencias.

Debido a molestias musculares, cuando regresó de la Copa Mundial Sub-20, no jugó el Torneo Intermedio con Liverpool.

Luego de un gran mundial sub-20, edición 2017, el uruguayo se convirtió en nuevo jugador del conjunto millonario.

El siguiente encuentro fue contra Francia, Nicolás fue titular nuevamente y esta vez ganaron 2 a 0 con goles de Valverde.

[46]​ El primer partido fue contra el anfitrión, Estados Unidos, Uruguay dominó todo el encuentro y ganaron 2 a 1.

Fue titular y por primera vez capitán, utilizó el dorsal número 11, comenzaron perdiendo pero finalmente ganaron 2 a 1.

[55]​ Nicolás disputó 9 partidos en el Sudamericano, convirtió 3 goles y en el último juego se coronaron campeones del torneo continental.

El 25 de abril fue confirmado en el plantel definitivo para viajar a Corea del Sur y jugar la Copa Mundial Sub-20.

[56]​[57]​ Tuvieron una buena campaña, llegaron hasta el último día de competencia, disputó 7 partidos y convirtió 2 goles, Uruguay culminó en cuarto puesto.