Desde la temporada 1999/2000 comenzó la debacle, apareció el entrenador más exitoso de Irlanda Roy Coyle, pero los malos resultados hicieron que despidieran a Coyle, quien fue reemplazado por Gary Flynn en el año 2007, donde en septiembre del 2009 renunció luego de la victoria 2-1 ante el Coleraine.
En la temporada 2009/10 el equipo lo tuvo John McDonnell, quien renunció el 10 de marzo tras un periodo donde no hizo nada destacado, retornando Gary Flynn al puesto.
En julio del 2012, Pat McGibbon renuncia al cargo de entrenador por motivos personales.
Como resultado, la IFA pospuso la apertura del campeonato 2012/13,[3] pero a petición de la Corte, el 21 de septiembre la IFA le quitó la membresía al equipo, previniendo a cualquier equipo afiliado jugar ante ellos cualquier partido.
Un nuevo equipo, con el nombre Newry City AFC fue fundado en marzo del 2013 y militará en la Mid-Ulster Football League para la temporada 2013/14.