[2] Está conformado por 11 salas temáticas que permiten conocer la cosmovisión, territorio, fiestas tradicionales, música y danza, etnografía, gobierno, medicina, vida cotidiana e historia del pueblo Yaqui, desde sus orígenes hasta el siglo XX, pasando por los períodos de lucha y supervivencia.
El museo se destaca por mostrar la cultura viva del pueblo Yaqui; que se ha distinguido por su tenacidad en la defensa de su territorio y sus tradiciones culturales.
En periodos de Semana Santa se han registrado mayor afluencia de visitantes, lo cual pone en evidencia el gran interés del público por la cultura Yaqui.
[4] El edificio ocupado por el museo fue construido originalmente en 1890 y era una casa de huéspedes.
El Museo además de su exposición permanente con sus 11 salas temáticas cuenta con una sala de exposiciones temporales en la que se muestran expresiones culturales, artísticas y religiosas del pueblo yaqui y de las etnias sonorenses, una cafetería que ofrece servicio de comida tradicional yaqui a los visitantes y un amplio patio en el que se realizan diferentes actividades culturales y artísticas.