En 1982 el arqueólogo Juan Yadeun Angulo, del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), inició los trabajos de excavación en la zona.

Después de varios años, se lograron rescatar muchas piezas de alto valor arqueológico, que fueron exhibidas en la plaza mayor, a la intemperie.

Fue hasta 1985 que se construyeron dos bodegas para albergar estas piezas: una donde actualmente se localiza la entrada de la zona arqueológica, a 80 metros del juego de pelota, y la otra en el espacio que actualmente ocupa el museo.

Los nuevos hallazgos y el incremento del turismo provocaron que en 1998 el arquitecto Carlos Lozano, bajo la supervisión de Juan Yadeun Angulo, se encargara de edificar el recinto actual.

Cuenta con dos salas de exposición distribuidas en una sola planta.