Además del museo, el parque que rodea el sitio es un parque acuático al aire libre (el más grande de Taiwán).

[3]​ La superficie total del parque es de 96,81 hectáreas (968.100 m³), mientras que el propio museo abarca 35,81 hectáreas (358.100 m³).

El museo cuenta con tres exposiciones principales:.

[4]​ En 2004, la Universidad Nacional Dong Hwa y el Museo Nacional de Biología Marina establecieron en colaboración la "Facultad de Ciencias Marinas", bajo la cual se fundaron el Instituto de Biotecnología Marina y el Instituto de Diversidad y Evolución Biológica Marina, considerados uno de los principales institutos de investigación en ciencias marinas en Taiwán.

Adoptando un modelo de "institución independiente, cooperación académica", se convirtió en el primer modelo de cooperación entre un museo y una institución de educación superior en Taiwán En 2014, ambos institutos se integraron en el "Instituto de Investigación Biológica Marina".