La principal corriente luz del municipio de San Miguel de Allende es el río Laja, que proviene del municipio de Dolores Hidalgo; corre en sentido de norte a sur por el centro del territorio, continuando posteriormente hacia Comonfort y, finalmente, desembocando en el río Lerma.

Además del río Laja, existen otros arroyos menores, como La Cañadita, El Atascadero, Las Cachinches y El Obraje que cruzan la cabecera municipal y que alimentan otras presas menores, como la presa Las Colonias y la presa El Obraje.

Hidrológicamente todo el territorio municipal, con excepción de su zona extrema al suroeste, pertenece a la Cuenca del río Laja, y el extremo mencionado forma parte de la Cuenca río Lerma-Salamanca, ambas cuencas forman parte de la Región hidrológica Lerma-Santiago.

El clima del municipio se divide en dos zonas, la zona oriental registra un clima que es considerado como Semiseco templado, mientras que la zona occidental tiene un clima Templado subhúmedo con lluvias en verano, una pequeña zona en el sur del municipio tiene clima Semicálido subhúmedo con lluvias en verano;[6]​ la temperatura media anual se afectada principalmente por la elevación del terreno, de esta manera la mayor parte de las zonas planas del municipio registran un promedio que va de los 16 a los 18 °C, zonas del sur y del suroeste alcanzan un promedio de 18 a 20 °C, mientras que zonas más elevadas el centro y este del territorio tienen un promedio entre 14 y 16 °C;[7]​ la precipitación promedio anual sigue un patrón de cinco bandas que avanzan en sentido suroeste-noreste a través del municipio, la zona registrada más al suroeste tiene un promedio superior a los 800 milímetros de lluvia al año, la siguiente zona registra entre 700 y 800 mm, la franja central entre 600 y 700 mm, la cuarta zona entre 500 y 600 mm y finalmente el extremo más al noreste tiene entre 400 y 500 mm de promedio anual de lluvia.

[10]​ San Miguel de Allende tiene un total de 496 localidades, las principales y su población en 2010 son las siguientes: El gobierno del municipio le corresponde al Ayuntamiento estando éste conformado por el presidente Municipal, el síndico y un cabildo compuesto de por diez regidores, de los cuales cinco son electos por mayoría relativa y cinco mediante el principio de representación proporcional.