Fue fundado en 1986 y milita en la Tercera Federación grupo XIII.

Ha tenido una deuda de 50.000 euros y le debian mucho dinero a la tienda que hacia la ropa El Muleño Club de Fútbol se fundó en 1986 tras la desaparición del histórico Atlético Muleño.

Debutó en la Tercera División de España en la temporada 1991-1992 con un 9.º puesto.

Actualmente milita en el grupo XIII de la Tercera Federación.

Por la cantera del Muleño C. F. han pasado futbolistas como Pedro León, Patric jugador de la Lazio y Josema Raigal jugador de La Nucia.