Como premio a los servicios del joven Muhammad, Mahmud le concedió como feudo la ciudad de Turkestan, entre 1487 y 1493.

Contando con el auxilio de Mahmud, Sahybani pronto prosperó lo suficiente como para intervenir en Transoxiana, donde las disputas entre los últimos Timúridas habían dejado abierto el camino a la invasión.

Hacia 1495–1496, Shaybani Jan combatió en Transoxiana (donde se hallaban instaladas diversos grupos procedentes de la Horda de Oro), contra Babur y la extensión del Imperio Mogol.

Entre 1505 y 1506 sitió Jiva, defendida por un gobernador timúrida llamado Husayn Sufi.

Muhammad Shaybani conquistó primero Balj, que capituló después de ser sitiada (1506-1507).