Las integrantes originales, jóvenes adolescentes, cuando alcanzan una cierta edad son sustituidas por nuevas aspirantes[6]​ en algo a lo que se conoce como "graduación".

En el año de 1997 el vocalista del grupo japonés Sharan Q,[7]​ Tsunku, organizó un certamen para elegir a una chica que sería promovida como una nueva estrella pop.

Entra la 4.ª generación conformada por Rika Ishikawa, Hitomi Yoshizawa, Nozomi Tsuji y Ai Kago quedando el grupo con 11 miembros, su sencillo debut fue "Happy Summer Wedding", lanzado el 17 de mayo.

En abril de ese año se lanzó otro exitoso single, "AS FOR ONE DAY", el cual alcanzó el primer puesto en el Oricon.

Cuatro nuevas chicas fueron añadidas como sexta generación: Miki Fujimoto, Eri Kamei, Sayumi Michishige, y Reina Tanaka.

Al momento de incorporarse la sexta generación, esta ha sido hasta la fecha la formación más numerosa que ha tenido el grupo, siendo 15 integrantes.

En agosto, Tsuji Nozomi y Kago Ai se graduaron de Morning Musume para centrarse en su dúo, W. En noviembre, "Namida ga Tomaranai Houkago" fue lanzado.

Este fue el último álbum de estudio en el que Kago Ai, Tsuji Nozomi, Iida Kaori, Yaguchi Mari, e Ishikawa Rika están acreditadas.

En 2007 Morning Musume como agrupación cumple 10 años y para celebrar esta fecha se preparó un sencillo conmemorativo.

El 6 de mayo, Hitomi Yoshizawa se graduó del grupo, dando su liderazgo a Miki Fujimoto (Quien nació el 1985).

Ai Takahashi se convirtió en la nueva líder.2008 fue el primer año en el que no hubo cambios en la formación de Morning Musume.

Morning Musume lanzó su 39.º sencillo, "Shouganai Yume Oibito", el 13 de mayo, alcanzando el primer puesto del Oricon desde "Aruiteru" en 2006.

A la vez, en el concierto se anuncian las audiciones para la undécima generación de Morning Musume llamada "Suppin Utahime".

Unos días después otra nueva canción titulada “Kimi Sae Ireba Nani mo Iranai” fue subida a la página de YouTube en su versión dance.

"Ima Koko Kara" fue la canción banda sonora para la película PreCure All Stars: Haru no Carnival donde el grupo apareció en los créditos.

Cuando Masaki Sato se recuperó de su lesión, en "BRAND NEW MORNING" el grupo se divide en dos equipos, el dance team (integrado por Ayumi Ishida, Masaki Sato, Haruna Ogata y Maria Makino) y el sing team (el resto de miembros).

El 30 de noviembre se lanza el sencillo digital "Gosenfu no Tasuki", la cual conmemora el 20 aniversario del grupo.

Se anuncia el nuevo sencillo titulado: "Furari Ginza / Jiyuu na Kuni Dakara/ Y Jiro no Tochuu" el cual será lanzado el 24 de octubre.

El 5 de mayo, Morning Musume '20 actuaría en el rockin'on presenta "JAPAN JAM 2020" en el SKY STAGE,  pero el evento fue cancelado más tarde en consideración a una nueva política establecida por el gobierno para prevenir la propagación del coronavirus .

El 2 de enero las integrantes de la novena generación, Mizuki Fukumura y Erina Ikuta cumplieron 10 años en el grupo siendo un hecho poco común con tan solo cuatro miembros en su historia, hasta dicha fecha, en superar ese récord (Ai Takahashi, Risa Niigaki, Sayumi Michishige y Reina Tanaka).

El 21 de junio, se lanzó un CM para auriculares inalámbricos AVIOT con Morning Musume '21 cantando la canción Ren'ai Revolution 21.

Junto a Ai Takahashi, Risa Niigaki, Sayumi Michishige, Reina Tanaka, Mizuki Fukumura y Erina Ikuta, son las integrantes, en dicha fecha, en cumplir 10 años en el grupo.

El 31 de marzo, Morning Musume aparece en Space Shower TV en colaboración con Station ID y Tsuribu Tokyo (cineastas), quienes los ayudan a celebrar su aniversario.

Con el título "Corriendo por el futuro", Tsuribu Tokyo, quién produjo y dirigió el video, quiso expresar la figura que atraviesa con fuerza las corrientes de la época.

Sakura Oda de la undécima generación es anunciada como la nueva sublíder del grupo, junto a Ayumi Ishida.

El 26 de junio, el grupo se presentó en el TV Tokyo Music Festival 2024 Natsu ~Yabai Showa no Cho Meikyoku vs Reiwa Hit Kyoku 100 Renpatsu~.

Ese es el primer sencillo en no incluir a Mizuki Fukumura, desde 2010, el primero con Erina Ikuta como líder, Sakura Oda como sub-líder, y el último de Ayumi Ishida.

El DVD incluye el documental extra llamado "Documentary of Morning Musume '16 in Houston" con imágenes del grupo respondiendo preguntas, en la sesión de autógrafos, durante los ensayos o visitando atracciones locales.

Luego, el 6 de octubre, actuaron en el MU:CON LIVE AMN Big Concert en el DMC Festival 2016, que tuvo lugar en Sangam Culture Plaza.

[41]​ El 23 de julio se anunció que Morning Musume´18 iría a Nueva York para el ''Anisong World Matsuri''.