El centro del municipio de Mondsee se encuentra en la orilla noroeste.

Desagua en el Attersee, situado unos 12 metros más inferior, a través del Seeache, que sólo tiene 3 km de longitud y abandona el Mondsee por su extremo oriental.

Al igual que los demás lagos del Salzkammergut, la cuenca del lago Mondsee se formó durante la Edad de Hielo por el poderoso glaciar Traungletscher, que se llenó de agua al derretirse.

Tras el deshielo del glaciar perteneciente a la glaciación de Riss, el lago era 40 metros más alto que el Mondsee actual, por lo que era mucho más grande y presumiblemente llegaba hasta el oeste, a la zona de Thalgau.

Se han descubierto dos nuevas especies de bacterias en el lago Mondsee.

Estas bacterias que flotan libremente (bacterioplancton) son muy comunes en el lago Mondsee (hasta un millón de células por litro de agua), pero son totalmente inofensivas para el ser humano (no patógenas).

Es una contracción del alto alemán antiguo mano (genitivo manin) 'luna' y seo 'lago' que significa 'lago de la luna'.

En el siglo XVIII, la denominación se basaba en la forma del lago.