Este monasterio cisterciense fue fundado en 1341, o en 1343, por Miguel Pérez Zapata, y su comunidad procedía del monasterio de Fonclara, en Albalate (Huesca), donde se habían establecido en 1223 o 1236, y que abandonaron por el bandolerismo de la zona.
Al exterior destaca su inmensa y robusta fábrica, de escala monumental.
Muy sobria la solución de la fachada de los pies, flanqueada solo por una torre en el lado derecho, con hastial en frontón, al igual que los brazos del crucero y el ábside recto.
Santa Fe sufrió entonces su primera expropiación de bienes que pasaron a administrarse por la Real Hacienda francesa.
En 1814, acabada la guerra, los monjes volvieron a Santa Fe e intentaron recomponer la situación.