Al final de su carrera, trabajó como director deportivo del Real Madrid, hasta que en 1990 se retiró definitivamente.Tras dicho título el Club Atlético de Madrid buscó ficharle, pero no llegaron a ningún acuerdo y el traspaso se frustró.Santiago Bernabéu tomó un viaje a Barcelona en esas fechas y se bajó en Reus para comprar el periódico.[4] Cuando el emisario catalán llegó a la isla, se encontró con la noticia por escrito: Fue inscrito como jugador del Real Madrid en la temporada 1946-47 con un sueldo de tres mil pesetas mensuales,[4] debutó en el Estadio Metropolitano frente al F. C. Barcelona.Jugó en el Real Madrid once temporadas junto a jugadores como Alfredo Di Stéfano, Paco Gento, Raymond Kopa y Ferenc Puskás.En 1969 entrenó a la Selección Nacional de España, con la cual disputó cuatro encuentros; ganó dos, empató uno y perdió uno.Fue sustituido por Vujadin Boškov, quien en marzo de 1982 le entregó la dirección técnica del equipo a Molowny, durando este en el cargo dos meses, en los cuales disputó cuatro partidos, de los cuales ganó dos, empató uno y perdió uno.Su retiro definitivo se produjo en 1990, cuando decidió irse a residir en la isla de Gran Canaria.