[1]​ Modest Mouse sacó algunos trabajos grabados en Moon Studios, incluyendo This Is a Long Drive for Someone with Nothing to Think About de 1996.

En 1997 lanzaron The Lonesome Crowded West (grabado también en Moon Studios, por Scout Swayze) que se transformó en el álbum paradigmático del grupo.

En 2000 lanzaron una colección de sencillos y rarezas titulado Building Nothing Out of Something, que incluyó la totalidad de Interstate 8, excepto los temas "Edit the Sad Parts" y "Buttons to Push the Buttons".

También en 11 de abril del año 2000 Modest Mouse lanza The Moon & Antarctica, su primer álbum bajo la discografía Epic Records.

La banda alcanzó gran popularidad en las radios alternativas con sus sencillos "3rd Planet" y "Gravity Rides Everything".

[6]​ En 2001 Modest Mouse lanza el EP Everywhere and His Nasty Parlour Tricks, una colección de tomas descartadas del álbum The Moon & Antarctica.

Nunca esperas que ese tipo de cosas pasen, creo que todos estamos en un shock.» Más tarde, ese mismo año, Jeremiah Green vuelve a la banda y Benjamín Weikel vuelve a ser el baterista exclusivo de The Helio Sequence.

Johnny Marr fue confirmado como un nuevo miembro de la banda, y coescritor del álbum junto con Isaac.

[18]​ La revista Blender nombró a Modest Mouse como la 25th razón para amar el 2007, por su nuevo y quinto álbum.