En ese mismo año, se funda en Turrialba el Instituto Interamericano de Ciencias Agrícolas (IICA), instituto dedicado a la enseñanza de la agronomía.
En 1948, se crea la Oficina del Café, adscrita al Ministerio de Economía.
En 1965, se realiza una reforma agraria integral y se conforma la Comisión Nacional de Investigaciones Agrícolas, y en 1966 se crea el Consejo Agropecuario Nacional (CAN), órgano asesor del Ministerio para la coordinación de las actividades de las organizaciones del sector agropecuario.
En 1978, se crea la Oficina de Planificación Sectorial Agropecuaria (OPSA), que posteriormente dio origen a la Secretaría de Planificación Sectorial Agropecuaria (SEPSA), y en 1979, se crea la Oficina Nacional de Semillas, organismo dependiente del Ministerio.
En este mismo año, el Área de Riego y Drenaje se separa del Ministerio para fundar el SENARA.