Michael Jakobsen, que actúa en la posición de defensa central o por la banda izquierda, inició su carrera futbolística en las categorías inferiores del Boldklubben hasta que, en 2002, pasó a formar parte de la primera plantilla del club.

En febrero de ese mismo año regresó a su país, donde firmó un contrato con el Aalborg BK.

Ese año disputó 15 partidos y en la temporada siguiente ya se convirtió en titular indiscutible (jugó 28 encuentros).

Se proclamó campeón de la liga en la campaña 2007-08, —temporada en la que Michael Jakobsen tuvo un papel destacado, disputando 32 partidos—.

Todavía no ha sido internacional con la selección absoluta, aunque sí ha jugado con las categorías inferiores.