Škrtel se formó en el modesto FK AS Trenčín eslovaco, pasando en 2004 a las filas del Zenit San Petersburgo ruso.
Sus progresos fueron seguidos de cerca por clubes europeos como Valencia CF, Tottenham Hotspur, Everton FC y Newcastle United.
Fue finalmente el Liverpool F. C. el que se hizo con el fichaje del defensa eslovaco por 6,5 millones de libras, firmando un contrato por la media campaña que le restaba (llegó en el mercado de invierno) y cuatro más.
[2] Horas después de abandonar el Atalanta se hizo oficial su fichaje por el Estambul Başakşehir F. K. por una temporada.
Jugó en todos los partidos que su selección disputó hasta los octavos de final.