En 1979, se disuelve la sede por motivos económicos, por lo que arregla su incorporación a las inferiores de Universidad Católica.

Por otra parte, la vida futbolística de Lepe se vio marcada por las lesiones, aunque de todas ellas logró recuperarse con entereza para volver a la titularidad, que nunca le fue arrebatada cabalmente.

Dirigió 8 partidos como técnico interino de Universidad Católica con 4 victorias, dos empates y dos derrotas.

Al final de la temporada 2009, la ANFP premia a Mario Lepe como el Mejor Director técnico del Fútbol Joven 2009.

[9]​ Sin embargo, logró obtener el título de la Copa Chile 2011, derrotando en la final a Magallanes.

[10]​ Posteriormente, asume en 2013 la dirección técnica de Naval,[11]​ club con el que realiza una campaña regular.