[2]​ Andújar comenzó su carrera en Huracán en el año 2003 tras el suicidio de Sergio Schulmeister cuando el club estaba prácticamente descendido a la B Nacional.

Jugó al lado de Andrea Barzagli y su compatriota Mariano González.

Posteriormente vuelve a la Argentina en el 2006 para jugar en el Club Estudiantes de La Plata dirigido por Diego Simeone.

Así, alcanzó el podio histórico del club en dicha competencia, superando la marca de Juan Sebastián Verón.

[16]​[17]​ En dicho partido, Argentina perdió 0:2 frente al conjunto local en Quito, el arquero se mostró seguro y no tuvo responsabilidad en los goles.

[20]​ Posteriormente, Andújar fue convocado nuevamente para enfrentar a Brasil y Paraguay por las eliminatorias.

[21]​ Después de la derrota, Andújar no volvió a jugar en el seleccionado, siendo reemplazado por Sergio Romero.