Esto facilitó el casamiento que se celebró el 17 de octubre en Dornheim, un pueblo cerca de Arnstadt, su ciudad natal y su anterior puesto.
Poco se sabe de su vida y su matrimonio, salvo que eran felices.
Cuando se fue, María Bárbara tenía una salud normal, pero cuando regresó dos meses más tarde, se enteró de que había fallecido y había sido enterrada el 7 de julio.
La causa de su muerte es desconocida, pero se especula que pudo haber sido resultado de enfermedades infecciosas o por complicaciones del embarazo o por neumonía.
Recientes interpretaciones afirman que la Partita para violín solo n.º 2, BWV 1004, escrita por su viudo, Johann Sebastian Bach, es una tombeau en recuerdo de su muerte.