[6]​ Entonces fue asignado Ferrufino como entrenador interino; dirigió su primer partido como técnico el 25 de abril ante La Paz Fútbol Club con resultado adverso 2:3.

[7]​ En la siguiente fecha del torneo, el 29 de abril, Ferrufino lograría su primera victoria ante Oriente Petrolero por una histórica goleada, 9:2.

En la temporada 2008 dirigió al equipo en 18 partidos de los que ganó 7 veces, empató 3 y perdió en 8 oportunidades.

[17]​[18]​ Posteriormente en la segunda fase del torneo la V azulada sería eliminada por Oriente Petrolero; primero se enfrentarían en Oruro con victoria del local por 2:0, la vuelta en Santa Cruz la ganó en refinero 1:0, en la definición de tiros penales avanzó el alviberde tras imponerse 4:3.

En el Torneo de Invierno 2010 llevaría al equipo hasta la final, y lo clasificaría a la Copa Sudamericana 2011.

[20]​ Tras realizar una campaña casi perfecta se adjudicó el subcampeonato del Torneo adecuación 2011, además de clasificar al equipo a la Copa Libertadores 2012.

A mediados de año el equipo participó en el campeonato amistoso denominado Copa Aerosur del Sur 2011 en donde Ferrufino llevaría el equipo hasta la final, donde perderían ante Universitario de Sucre y esto le costaría el cargo.

También dirigió al equipo en la Copa Sudamericana 2014 en el que la banda roja participó por primera vez, donde enfrentó a Libertad del Paraguay.

En el Torneo Apertura 2014 dirigió al equipo en los 22 partidos, ganó 7, empató 5 y perdió 10, logrando el 9° puesto.

Se casó con Sandra Rojas en 1987, producto del cual tuvieron tres hijos Marcos Mauricio, Douglas y, Estefano.