El año siguiente fue transferito al Monza de la Serie B, y en 1983 quedó en la misma división jugando con el Padova.
En 1985 volvió a la máxima división italiana fichando por el Udinese, mientras que la temporada 1986/87 fue transferido al Roma.
En 1989 fue adquirido por el Napoli por 2 mil millones de liras más el pase de Antonio Carannante;[1] con los azzurri ganó la liga 1989/90 (suyo fue el gol en la última fecha contra Lazio que entregó el Scudetto al Napoli) y la Supercopa 1990.
Posteriormente jugó un año con el Ancona en la Serie B, siendo el capitán del conjunto blanquirojo.
En 2007 se convirtió en el entrenador de la categoría juvenil Primavera del Siena, que llevó por primera vez en su historia a la final para el título nacional de categoría.
El 29 de octubre fue elegido para reemplazar al cesado Marco Giampaolo en el banquillo del primer equipo del Siena, que por aquel entonces militaba en la Lega Pro Prima Divisione (tercer nivel);[3] sin embargo, el 23 de noviembre fue sustituido por Alberto Malesani y volvió a entrenar a la Primavera.
[14]Fue despedido el 8 de enero siguiente, cuando el equipo ocupaba el puesto N°17 en la Serie B.
[19]El 20 de junio de 2023, la directiva del club anunció que había puesto fin a la relación con Baroni, tras no llegar a un acuerdo para la renovación del contrato.