Comenzó su carrera como profesional en Danubio de Montevideo en la temporada 1995-1996, a los 17 años, jugando en la Primera División y marcando 12 goles.

[1] Al año siguiente pasó a Peñarol que, con ayuda de sus 13 tantos, consiguió el Campeonato Uruguayo.

[2]​ A pesar de su elevado coeficiente de goles marcados por minutos jugados, a Zalayeta le costó entrar al once titular, y ha sido cedido a varios equipos tanto italianos Empoli FC como extranjeros como Sevilla FC de España.

[4]​ De vuelta en la Juventus en la temporada 2004-2005, fue utilizado con regularidad por el técnico Fabio Capello, aunque sin llegar a ser un fijo en el once titular.

[7]​ Retornó a Peñarol en competiciones oficiales en mediados de agosto frente a El Tanque Sisley en la victoria por 2-0 del equipo, convirtiendo el segundo gol y dando una asistencia en el primero.