Y así, Shōjumaru se presentó abiertamente para desafiar al guerrero montado que le parecía el general de las tropas.

Como ahora estaba empobrecido y provenía de una familia poderosa, la gente común lo llamaba el "príncipe mendigo" (乞食若殿).

Ella le inculcó el hábito de mirar al sol y decir una oración budista todas las mañanas.

El hijo pequeño de Okimoto, Kōmatsumaru (幸松丸) sucedió como jefe del clan y Motonari se convirtió en su regente.

Unas semanas después, Motoshige envió una incursión al territorio del clan Mōri y prendió fuego a las casas de Tajihi (多治比).

Tsunehisa no hizo ningún progreso contra Kanayama y se retiró, pero Motonari finalmente tuvo éxito en la Batalla del Castillo de Kagamiyama (鏡山城の戦) en 1523.

Después de la batalla, Motonari intentó salvar a Naonobu, pero Amago Tsunehisa lo ejecutó por su acto vergonzoso y desleal.

También en 1524, Motonari se enteró de una conspiración dirigida por un vasallo, Sakagami Sosuke, para asesinarlo y elevar a su medio hermano Aiō Mototsuna al liderazgo.

Junto con los problemas familiares relacionados con la sucesión, Motonari y Amago Tsunehisa gradualmente se volvieron hostiles entre sí.

En marzo de 1525, Motonari y varios otros señores locales decidieron cambiar su lealtad a Ōuchi Yoshioki.

Sin embargo, pagó un alto precio por la conquista, porque la hija mayor de Motonari había sido rehén política del clan Takahashi y fue asesinada por ellos en venganza.

En 1534, Motonari comenzó a consolidar las posesiones de Mōri en Aki, reuniendo aliados locales, entre los que se encontraban los Shishido, Kumagai y Amano.

Los Amago claramente no tendrían ninguna fe en Motonari, ya que los había traicionado y derrotado a sus aliados.

[7]​ Dos días después de llegar, los Amago lanzaron un ataque al Castillo Yoshida-Kōriyama, que continuó durante varios meses.

En esta batalla penetraron profundamente en el territorio del clan Amago, pero su línea de suministro se rompió y Kikkawa Okitsune (吉川興経) los traicionó.

Motonari perdió a su esposa Myōkyū en 1545 y, llorando, no salió de su habitación durante tres días.

Motonari estuvo enfermo durante su estancia en Yamaguchi y tardó tres meses en volver al castillo de Yoshida-Kōriyama.

Él poseía Tenjinyama (天神山), que estaba justo al sur del castillo Yoshida-Kōriyama de Motonari.

En 1551, Sue Takafusa se rebeló contra su señor Ōuchi Yoshitaka en el incidente de Tainei-ji, obligándolo a cometer seppuku.

Su plan involucraba a Miyajima, hogar del Santuario Itsukushima y un lugar que los combatientes tradicionalmente habían evitado por razones religiosas.

Un fuerte, el Castillo Miyao, fue construido bastante cerca del santuario Itsukushima y Motonari proclamó públicamente su pesar de que no resistiría mucho tiempo ante un ataque.

Desde el otoño siguiente, Mōri había asumido una postura principalmente defensiva y Sue tenía algunas razones para sentirse cómodo en su nuevo cuartel general avanzado.

Kunihisa, el hijo de Amago Tsunehisa, lideraba una facción llamada Shingūtō (新宮党) por la ciudad, Shingu, donde estaba ubicada.

El shōgun, Ashikaga Yoshiteru deseaba la paz entre los clanes Amago y Mōri, pero Motonari ignoró su súplica e invadió la Provincia de Izumo en 1562.

Esto provocó que la mayoría de sus tropas restantes desertaran y, más tarde, Amago se rindiera a Motonari.

Motonari ganó y capturó el castillo, pero fue rechazado por Otomo Sorin en la batalla de Tatarahama (1569) que siguió al asedio.

Parece que su condición física mejoró temporalmente y en 1567 nació su último hijo, Kadokikumaru (才菊丸), más tarde conocido como Kobayakawa Hidekane.

[12]​ Shiji Hiroyoshi, Kuchiba Michiyoshi, Kumagai Nobunao, Fukubara Sadatoshi, Katsura Motozumi, Kodama Naritada, Kokushi Motosuke, Hiraga Hirosuke e Ichikawa Tsuneyoshi ayudaron a Mōri Motonari en su gobierno.

Las cartas que se conservan escritas por su nieto Mōri Terumoto describen a Motonari como un hombre estricto y exigente con una mirada aguda.

También se especula que Ninomiya Naritoki (二宮就辰, 1546–1607) era el hijo de Motonari con una mujer del clan Yada (矢田氏).