[2]​ Fernando León realiza las formativas en el Club Sport Norte América, debutaría con el equipo guayaquileño en 2009 en el torneo de Segunda Categoría.

En el 2010 llega a las inferiores del Independiente del Valle, debuta en la Primera Categoría A en 2011 ante Deportivo Cuenca, teniendo destacadas actuaciones en la parte defensiva no solo en el campeonato local sino también en torneos internacionales como Copa Libertadores de América y Copa Sudamericana.

En 2021 jugó cedido a préstamo con opción a compra en Barcelona Sporting Club de Ecuador, tras finalizar su contrato volvió al club mexicano.

[3]​ Tras consolidarse como titular siendo uno de los referentes y capitanes del equipo, el club hizo uso de la opción a compra y extendió su contrato hasta 2027.

En 2014 bajo el mando del director técnico Sixto Vizuete, lo convoca para disputar los partidos amistosos contra las selecciones de Estados Unidos y El Salvador, debutando contra la selección de Estados Unidos, entrando al cambio por Frickson Erazo.