El nombre del género fue acuñado por Eberhard Frey et al."Dactylus", en referencia al característico dedo alargado del ala, que es un elemento común en los nombres de pterosaurios desde que el primer género conocido fue nombrado, Pterodactylus.A diferencia de otros ornitoqueíridos, no tenían una cresta premaxilar sobre el hocico, pero tenía la cresta en la parte posterior del cráneo.En 2007 Frey consideró que era un posible sinónimo más moderno de Brasileodactylus.Sin embargo, Andres y Myers (2013), en un extenso análisis cladístico de los pterosaurios, hallaron que Ludodactylus estaría algo más emparentado con los ornitoqueíridos y anhanguéridos que a Brasileodactylus.
