[4]​[5]​Posteriormente, la obra generó controversia al contener frases completas de la novela Prozac Nation.

[6]​ Al año siguiente ganó el Premio Nadal con su segunda novela, Beatriz y los cuerpos celestes.

En ese mismo año realiza el guion de la película Sobreviviré con David Menkes y Alfonso Albacete, con quienes también firmó el guion de I love you baby (2001).

En noviembre del mismo año fue investida doctora honoris causa en Letras por esa universidad.

[11]​ En 2002 obtuvo un puesto como escritora residente en la Universidad McGill de Montreal.

[14]​ Con Un milagro en equilibrio, novela centrada en la experiencia de la maternidad, obtuvo el Premio Planeta en 2004.

[21]​En febrero de 2012 inició, junto con varios colaboradores, un magazine digital, AllegraMag.

[33]​ Este último señaló que Etxebarria había utilizado la obra de Antonio Colinas «de manera legítima y perfectamente lícita, por lo que queda deslegitimado el criterio vertido por la revista Interviú».

[37]​ Etxebarria y Jorge Castelló llegaron a un acuerdo extrajudicial en el que la escritora reconocía que había utilizado los textos del psicólogo y acordaba pagarle 3000 euros de indemnización.

[51]​A raíz de sus declaraciones en medios y redes sociales al respecto, ha protagonizado polémicas con activistas como Daniela Requena[52]​[53]​ o Darko Decimavilla.