Tras este descenso, el Loja CD no volvió a estar en Tercera División hasta la temporada 1999-00.En dicha eliminatorias supera la primera ronda enfrentándose al Mar Menor con el que empata a cero en San Javier y gana 1 - 0 con gol de Pedro Corral en el Medina Lauxa.Además, al lograr el primer puesto en la clasificación, obtiene el derecho de jugar la Copa del Rey en la temporada 2012-13.El campo del Loja CD es el Estadio Municipal Medina Lauxa, con capacidad para 1250 espectadores.La nueva instalación está integrada en una ciudad deportiva, en la que existe también un pabellón multiusos, y un complejo de piscinas.
