1- El campeón y subcampeón de la Egyptian Premier League 2012-13 iban a ser los representantes de Egipto en el torneo, pero como el torneo fue cancelado, sus lugares fueron ocupados por el campeón y subcampeón de la Egyptian Premier League 2010-11 (última temporada completada) para representar a Egipto en el torneo.

[4]​ 3- El Sporting Praia Cruz, ganador del São Tomé and Príncipe Championship 2013, fue admitido por la CAF para reemplazar al USM El Harrach en el torneo.

[5]​ Las siguientes asociaciones miembro no mandaron representante para esta edición: Benín, Cabo Verde, República Centroafricana, Yibuti, Eritrea, Malaui, Mauricio, Reunión, Somalia.

Los perdedores en la Segunda ronda entrarán a la 2014 CAF Confederation Cup play-off round.

[1]​ El orden de los partidos se determinará mediante un sorteo.