Su contribución de siete goles en su primer torneo, no fueron suficientes para impedir que Independiente termine en el puesto 18.

En ese mismo torneo donde le marcó al club de La Paternal cobró gran protagonismo en el equipo dirigido por Américo Gallego siendo titular a partir de la mitad del campeonato y marcando varios goles importantes que igualmente no fueron suficientes como para que su club gane un torneo que parecía servido en bandeja, al tener como rivales directos a Godoy Cruz, Argentinos y a Estudiantes LP enfocado en la Libertadores.

Leonel pasó a ser el mejor jugador y referente indiscutido de Independiente, hasta sacaron máscaras con su rostro para los hinchas.

[1]​ Al respecto el jugador se sintió muy dolido y confundido, aseguró que su separación del plantel "es un tema de plata" en referencia a su alto contrato, reconoció "mi nivel no es bueno (...) por ahí la culpa es mía porque no supe aprovechar las oportunidades", aunque señaló que "físicamente no pueden decir nada; entrené los 20 días de vacaciones, hice la pretemporada, jugué el primer partido y después no jugué más" (Aunque Nuñez omitió que, pese a entrenarse a diario, la base de su alimentación era pan y chorizos), a la vez que atacó al DT "no me llamó ni nada (...) me hubiese gustado que venga de frente".

[3]​ A mediados del 2012 vuelve al club que le dio la oportunidad como profesional, Argentinos Juniors.