A diferencia de la trilogía "Lego Batman", este es el primer videojuego de Lego que se centra enteramente en los villanos del Universo DC, similar a los niveles de villanos que aparecen en Lego Batman: El Videojuego.

[1]​ A diferencia de sus predecesores, los jugadores pueden crear un personaje personalizado que se integrará en la historia.

Como el Novato posee una habilidad nunca antes vista para absorber energía para obtener nuevos superpoderes, Gordon ofrece al encarcelado Lex Luthor una sentencia de prisión reducida a cambio de monitorearlos y evaluar su potencial amenaza.

Mientras tanto, el Joker y Harley Quinn roban varios artículos de Wayne Tech, con Batman persiguiéndolos.

Lois Lane y Jimmy Olsen también comienzan su propia investigación independiente.

Una vez que se ha reunido un grupo lo suficientemente grande, la Legion of Doom unida lanza un ataque contra el sindicato del crimen encima de LexCorp, pero Luthor traiciona a todos, planeando usar la tecnología del sindicato para deshacerse de ellos.

Furioso por la traición de Luthor, el novato intenta detenerlo disparando la máquina con energía, provocando un mal funcionamiento; inadvertidamente traer Apokolips cerca de la Tierra y teletransportar a todos los presentes a ubicaciones aleatorias.

Después de reunir más fuerzas, la alianza engaña a Johnny Quick para que revele los planes del sindicato ante la cámara.

Lois transmite las imágenes en todo el mundo, poniendo al público en contra del Sindicato.

Aunque rescatan al novato, Darkseid absorbe la última parte de la ecuación.