En la temporada 2004-05 fue promovido al equipo de reserva del club, donde destacó por su anotación de goles contra varios equipos, incluyendo una tripleta contra las reservas del Bolton Wanderers F. C. Para la temporada 2005-06 fue admitido en la plantilla principal de jugadores del Manchester United, convirtiéndose así en jugador substituto del club en la UEFA Champions League de dicha temporada.

En enero de 2006 fue cedido al Royal Antwerp FC, hasta mayo del mismo año.

En el verano de 2006 regresó al Manchester United, jugando siete partidos amistosos donde llamó la atención del club Glasgow Rangers.

[5]​ En el verano de 2007, Lee Martin regresó al Manchester United y jugó dos partidos amistosos del tour que realizaba dicho club en el Lejano Oriente.

[10]​[11]​ En el tour de verano 2008 del Manchester United F. C. por Sudáfrica, Lee Martin anotó un gol contra los Orlando Pirates FC.