No confundir con el río Lagunillas que fluye en la Región de Aysén.
Nace al oeste de la carretera La Serena-Ovalle y al oeste del poblado El Peñón (Chile) en la confluencia de las quebradas Martínez, Cortadera y Las Cardas y desde allí se dirige al oeste y atraviesa la serranía costera con un profundo corte para llegar hasta los llamados llanos de Lagunillas de la bahía de Guanaqueros en un trayecto de 28 km en total.
[1]: 271 Francisco Astaburuaga escribió en 1899 en su obra póstuma Diccionario geográfico de la República de Chile sobre el río:[2] Lagunillas.-—Paraje de la costa del departamento del Puerto de Coquimbo que se halla como á 18 kilómetros hacia el SO.
Es un asiento de pescadores.Luis Risopatrón describe la laguna costera que se forma en su desembocadura: Adelaida (Laguna) 30° 07’ 71° 24’.
Pequeña, en la que se sondan 5 m de agua en el centro, en las crecidas se encuentra cerca del mar, en la desembocadura de la quebrada de Lagunillas.