Aunque las aguas salen limpias del lago Tahoe, el río Truckee le aporta aguas turbias al lago Pirámide después de haber atravesado el terreno escarpado de la sierra y arrastrar el limo.

El lago es el remanente más grande del antiguo lago Lahontan que cubrió la mayor parte del noroeste de Nevada al final de la última época glacial.

El primer mapa fue trazado en 1844 por John C. Frémont, el descubridor estadounidense del lago que también le dio su nombre en inglés.

Entre las principales especies de peces figuran el cui-ui, que es endémica del lado Pirámide, el Tui Chub y la Trucha Lahontan (el récord mundial de la trucha Lahonta fue capturada en este lago).

Ambos peces se reproducen en agua dulce, confían que haya suficiente flujo de agua para así remontar el río Truckee para desovar, de otra manera sus huevos no eclosionarían.