Estudia medicina en la Universidad de Praga en 1803, y se doctora en 1814.
Enseña en Praga higiene y se interesa por la toxicidad de los champiñones, realizando experiencias sobre animales.
Expone los resultados de sus observaciones en su famoso libro Naturgetreue Abbildungen und Beschreibungen der essbaren, schädlichen und verdächtigen Schwämme (J.G.
Por su deceso, el final de la obra se publica póstumamente, por Johann Baptista Zobel (1812-1865).
Krombholz le consigue a August Karl Joseph Corda (1809-1849), sin recursos financieros, llegar a un puesto en la Universidad.