Formado en el Hertha Berlín desde los 7 años, pasando por todas sus categorías hasta debutar en la Bundesliga en agosto de 2005 contra el Eintracht Fráncfort.

Jugó su primer partido en la Premier League el 3 de noviembre contra el Middlesbrough.

Continuó su buena forma durante los siguientes partidos ganado la titularidad en el equipo.

Boateng más tarde se disculpó por la entrada sobre Ballack diciendo: "Lo siento, no fue intencionado.

[4]​ Tras disputar una muy buena Copa del Mundo de Sudáfrica sería transferido al Génova FC de la Serie A italiana, e inmediatamente se unió al A. C. Milan en préstamo.

Massimiliano Allegri entrenador del Milan, quedó impresionado con sus actuaciones en los dos primeros partidos, por lo que optó a que comenzara en los siguientes dos partidos contra el Catania y el SS Lazio como titular.

El primer tiempo finalizó con un triunfo parcial del Inter con gol de Wesley Sneijder (22') (0-1), en el segundo tiempo el AC Milan con goles de Ibrahimović (60') (1-1) y el mismo Boateng (69') (2-1), daría la vuelta el partido, ganando la Super Copa Italiana.

Además el AC Milan se quedó así con el Derby della Madonnina número 208.

Marcó siete goles en la Bundesliga en la temporada acabando el Schalke en tercer lugar y clasificando un año más para la Champions League.

Al final de la temporada, con escasa participación, deja la entidad milanesa, quedando sin equipo.

[9]​ Debutó en la Liga en la primera jornada ante el Valencia C. F., donde se estrenó como goleador en Mestalla y entró en el club de jugadores que han marcado en las 4 grandes ligas de Europa.

[12]​ Dos días más tarde se incorporó al Eintracht Fráncfort de la Bundesliga alemana.

[14]​ En julio de 2018 se desligó del conjunto alemán para volver a Italia, fichando por el Sassuolo Calcio.

[20]​ Tras no lograr el ascenso con el Monza, en junio de 2021 se hizo oficial su vuelta al Hertha Berlín catorce años después.

[30]​ No obstante, Boateng concluiría su participación en la Copa del Mundo después de ese partido luego de que fuera retirado del equipo por motivos disciplinarios.

Es mayor que su medio hermano de lado paterno Jerome Boateng, también futbolista profesional.