Poco después, en 1990, se incorporó al nuevo proyecto de Howlett, The Prodigy.

[1]​ Originalmente Flint era el bailarín de la banda, pero no fue hasta 1996 donde hizo su primera aparición como cantante y solista en el sencillo «Firestarter».

[1]​ En 2012, Flint colaboró con el músico británico de dubstep Caspa en el sencillo titulado "War".

En 2004, el álbum Always Outnumbered, Never Outgunned ya no contó con su participación.

Su compañero de banda Liam Howlett declaró a través de Instagram que su muerte había sido un suicidio,[4]​ sin embargo, la autopsia reveló que no hay pruebas suficientes para confirmarlo.