Se inició en las divisiones inferiores del Club Cerro Porteño, club con el cual participó de la Copa Libertadores Sub-20 del año 2012,[1]​ donde alcanzó los cuartos de final.

En el 2014 a pesar de que con su equipo no tuvo un buen primer semestre eliminándose de la Copa Libertadores[5]​ y terminando en cuarta posición en el torneo local,[6]​ logró mantener una buena regularidad en el mismo, aunque alternando un poco los partidos con su compañero Diego Viera.

[7]​ El 18 de febrero debuta oficialmente con el club francés en la Ligue 1, en la victoria frente al Caen por 1 a 0, ingresando a los 71 minutos en reemplazo del jugador franco-argelino Yassine Benzia.

[14]​ El 31 de enero volvería como titular ya afianzado en la zaga en el triunfo 0-4 sobre San Martín de San Juan en un juego postergado correspondiente a la fecha 12.

[15]​ El 3 de febrero en su debut en la Bombonera, Junior jugó regularmente como lateral izquierdo, Boca derrotaría 2-0 a Godoy Cruz.

El 4 de octubre de 2013, Junior fue convocado por primera vez a la selección paraguaya[24]​ por el entrenador Víctor Genes, para disputar los partidos contra Venezuela y Colombia por las Eliminatorias Sudamericanas, debutando así, contra Venezuela (ingresó como titular y jugó durante todo el partido).