[8] Fue detenido en julio de 2006 en la segunda fase del caso Malaya, la trama de corrupción inmobiliaria e institucional más importante destapada en España.
Durante el tiempo de prisión preventiva, Muñoz fue condenado en varios casos por cohecho, malversación de fondos públicos y por prevaricación urbanística relacionada con la concesión de licencias ilegales durante los Gobiernos municipales del Grupo Independiente Liberal (GIL).
En los últimos dos años en la cárcel se vio obligado a visitar el hospital en 29 ocasiones.
[13] Días después, la Audiencia le eximió de acudir a todas las sesiones del juicio por la trama de corrupción «caso Fergocon», en el que está imputado, debido a su estado físico.
Él mismo denominaba a su enfermedad como «cáncer galopante».