[2]​ Peña es egresado de la Academia Tahuichi Aguilera, al igual que otros importantes jugadores del fútbol Boliviano, como Marco Antonio Etcheverry y Erwin Sánchez.

[4]​ Con Santa Fe jugó un total de 62 partidos entre 1993 y 1995,[5]​ teniendo buenas actuaciones que atrajeron la atención de varios clubes en España.

Peña fue un regular en la alineación titular del club vallisoletano hasta el final de la temporada 2003-04, cuando este descendió a la Segunda División.

[9]​ Luego de nueve temporadas, el boliviano dejó Valladolid, en 2004, habiendo jugado más de 250 partidos en todas las competiciones, aunque nunca llegó a anotar un gol.

[11]​ El 17 de noviembre de 2009 anunció su retiro del fútbol profesional,[10]​ pero en marzo del año siguiente pasó a realizar la pretemporada en México con el D.C.

[12]​ Jugó su primer partido como titular en un amistoso que enfrentó al D.C.