En el mercado invernal de la temporada 10-11 se desvincula del Atlético de Madrid y firma un nuevo contrato para lo que resta de temporada y una más con el Real Valladolid.

Juanito también participó en la fase de clasificación del mundial 2010, en la que la selección española consiguió su primer título mundial, formando pareja de centrales con Puyol.

Ya con 34 años no entró en la lista de la fase final celebrada en Sudáfrica.

En la temporada 2015-2016 entrenó al San Roque de Lepe club en la segunda división B, pero siete jornadas sin ganar propiciaron la marcha del gaditano a principios del pasado mes de marzo, siendo sustituido por el joven entrenador madrileño Carlos Antón.

En julio de 2016, ocupa el banquillo del Atlético Sanluqueño, para ser el sustituto de José Pérez Herrera tras ascender a la Segunda B.